По мнению А. Д. Пояркова, а также ряда других зоозащитников, в частности, президента Российской лиги защиты животных эстрадной певицы Роксаны Бабаян, если всё-таки удастся каким-либо образом значительно сократить или полностью элиминировать популяцию бездомных собак, крысы могут занять их экологическую нишу. Учёные подчеркивают, что при этом в рамках межвидового взаимодействия собаки и крысы чаще поддерживают нейтрализм — то есть, отсутствуют явные влияния популяций одна на другую. Так, согласно материалам исследованию группы биологов Омского государственного педагогическогоо университета, проводивших исследования взаимодействие популяций крыс и бездомных собак в мегаполисах, опубликованном в в журнале "Ветеринарая патология:
Хищничество собак по отношению к крысам в населенных пунктах незначительно и не наносит сколько-нибудь серьезный урон численности последних. Для подавляющего большинства собак-парий оно не является энергетически значимым, так как большую часть рациона они получают из других источников. (...) Кошки тоже редко становятся именно пищей собак, но, в отличие от крыс, кошки значительно чаще становятся их жертвами, что обусловлено тем, что грызуны обитают в более труднодоступных для собак местах. Умерщвление без поедания является формой нападения, при которых гибнут крысы и значительно чаще кошки: собаки-парии их обычно не едят, а, убив и наигравшись, бросают
Ученые подчеркивают, что по их наблюдениям, контакт человека с уличными собаками оказывается более напряженным, чем с серой крысой, так как места постоянного обитания крыс находятся в относительной изоляции от подавляющего большинства мест постоянного пребывания человека, а бездомные собак являются постоянными посетителями общественных мест, дворов и детских игровых дворовых площадок. При этом собаки могут передовать человеку от крыс возбудителей инфекционных и инвазионных заболеваний; бруцеллеза, лептоспироза, листериоза, сальмонеллеза, туляремии, чумы грызунов, эризипелоида, бешенства, риккетсиозов, токсоплазмоза, трихинеллеза.
Людмила Чебыкина, научный сотрудник Дарвиновского музея убеждена, что собаки не обращают на крыс никакого внимания и могут на них охотиться лишь в качестве развлечения. По её наблюдениям, в городе собаки охотятся на утят, уничтожают яйца певчих птиц. Охрана природы в московских парках совершенно несовместима с существованием в них стай бездомных собак, убеждена биолог.
В свою очередь руководительЦентра правовой зоозащиты Евгений Ильинский, считает что присутствие бездомных собак в городе, напротив, привело к небывалому увеличению численности крыс, так как опекуны собак беспорядочно разбрасывают еду для собак в таких количествах, что собаки её не едят, и она в изобилии достаётся крысам. Такое увеличение кормовой базы для крыс способствует усилению их репродуктивной активности. А.Д. Поярков согласен с тем, что вокруг активно прикармливаемых бездомных собак появляются крысы, а собаки настолько сыты, что не ловят их. .
Научный сотрудник Института проблем экологии и эволюции, сотрудник лаборатории А.Пояркова Алексей Верещагин отмечает, что собаки редко едят крыс, но между ними существует другой фактор взаимодействия — присутствие собак сдерживает проникновение крыс на улицы. Кроме того, запах мочи хищника в два раза снижает интенсивность размножения грызунов.